中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，虽然现在非基本药物目录的制定与出台是否真的有必要仍然在整个行业内存在着不少的争议，但显而易见的是，如果非基本药物目录最终能够出台，那么它出台后的影响在某种程度上是要大于基本药物目录的。

郭凡礼指出，现在的基本药物目录从2004年的2033种锐减到307种，一方面，从数量上大幅减少，另一方面此次进入基本药物目录的全是“物美价廉”的药品，而对于更为广泛的药品和一些高价药将定义到非基本药物目录中去，这也是非基本药物目录影响更大的原因。

郭凡礼同时指出，因为上述的原因，加上基本药物目录的光环逐渐褪尽，现在各药企都在积极备战非基本药物目录，不敢有半点马虎，毕竟如果非基本药物目录确定出台，将对非基层医疗机构的药品市场产生巨大的影响，这也是此次未能挤进基本药物目录的企业的又一个新的发展机遇。

中投顾问发布的《2009-2012年中国医药行业投资分析及前景预测报告》指出，基本药物目录、非基本药物目录以及11月底要调整的基本医保目录将使医药企业为药品的申报等耗费诸多的精力，与此同时，各目录之间如何协调也是需要认真解决的难题，只有把各个目录需要解决的问题规范化系统化，那么整个医药市场的改革才能稳步的推行。