在我国医药上层改革中医药监管部门改革是一项重要的工作，其主要改革目的是为了提高医药监管领导部门的工作效率，因为在过往的经验中医药卫生部门过多在一定程度上影响了政策执行效率，而部门过多也会产生职责不清的问题，这对于医药行业的长远发展是不利的。因此新改革将会更加注重医药领导部门的调整部署，争取最大化的提升部门工作效率以更好地服务于医药行业发展。

    在具体改革层面上医疗卫生部门的实际管理权和财政权成为改革的难点，掌握了实权才能有效监管领导行业发展，但是只有在财政的全力支持下各项政策才能顺利出现效果，对于如何分配好实权和财权的工作社会正密切关注着上层的改革动向。除了权利分配之外另一个问题就是医药行业中政府和行业应该分别处于什么样的立场和地位。比如公立医院公益化改革过程中政府是否要接手公立医院的领导权以及公立医院的行业地位如何调整，这些问题都将考验着新医改领导者的智慧。

    对于改革中将会面临的种种问题业内人士表示这些都要等到医药机构部门改革后才能看出效果以及后续的走向。将来上层医改部门将会按照大部门的领导原则缩减部门机构数量，其职责也将分配的更加清晰。而至于之后部门的行业地位应该是按照服务型政府的原则来执行，新机构将会将服务于行业的发展原则放在首位，其主要职能工作将会是协调行业各环节的正常运行而不是直接参与进去。未来我国医药部门工作将会更加注重从服务角度出发更好的服务于我国医药行业健康有序发展。