在新版基药目录全面践行推开以后各地也开始逐渐显现出诸多问题，比如有些地区就经常被发现药品供应不足的现象，而民众也经常抱怨以前能够轻易买到的药品现在怎么去哪儿都说没货，这些种种问题被集中汇集到相关部门以后其迅速做出了分析，最后有关人士透露市场药品供应不足有多方面的原因，目前认定的主要原因是药企的药品生产积极性不足问题，这个问题眼下还主要指望相关配套政策的后续跟进出台以缓解问题，而另一个问题则是基药目录的覆盖范围问题，毕竟再为完美的政策也会出现顾及不周的地方，在基药目录制定时有些原本市场热度比较高受民众欢迎的常用药物因为种种原因没有进入目录，这便造成了市场上这部分药物的供应问题，而对于药企来说这部分药物没有获得基药资格肯定也会出现初期的生产调整问题。

    而针对性的解决办法目前多数地方采取的是集中调查分析市场上的短缺药品，而后对这些药品进行集中采购配送以最大可能的满足市场的需求，而从长远来看调动药企和药物流通供应系统的积极性才是关键，因此 部分地区开始尝试对基药目录做增补政策调整以期增加药企的动力。

    不过专家则表示市场药物供应的问题一方面可以看做是政策初始推行的适应性反应，再者则可以认为是药企对政策的态度或者是立场，不少药企不生产药品还是因为基药中药品的定价问题，只有这个问题解决了药物的市场运营体系才能说是趋于完善。否则局部的行政条例或者政策调整都很难起到实质性的效果。所以综合来看未来基药的顺利推行仍然要面临不少变数，而在变数中做适应性改革可能才是完善政策一种优良方式。