据www.qgyyzs.net小编了解，很多科学家正试图创造最小的基因组，而top-down，即自上而下剔除基因的方法是一种比较有效的方法。通过逐步剔除现存细菌中的非必需基因，缩减基因组的大小，直至最小基因组被创造出来。目前应用于基因克隆的大肠杆菌几乎都被进行过基因的改造和优化，令一些与基因重组有关的基因或者限制性内切酶-修饰酶系统基因失活，令工程质粒更加稳固。将工程菌株中的原噬菌体、转座子、插入序列、毒性因子基因和水平转移的外源基因簇剔除，得到了更加有效、稳定和安全的工程菌株。

    欧洲的科学家曾利用同源重组的方法提出了枯草芽孢杆菌中三百三十二个非必需基因，将其基因组缩减了百分之七点七。被缩减的部分有原噬菌体、高at岛和大型抗生素合成基因簇。大肠杆菌中的相关尝试就更加多了，多采用噬菌体λred重组酶切除技术或者i-scei内切酶切除技术等。

    向染色体中插入tn5转座子等重复序列，经过染色体内部的同源重组，可以将两个重复序列之间的染色体切除。威斯康星大学的研究人员曾利用逐步剔除大肠杆菌k-12株百分之十五的非必须基因，发现了一个有趣的现象：这些经过基因组简化后的细菌，不仅生理功能正常，而且还具有一些优点，如电穿孔转化效率提高和质粒更加稳定等。