据www.qgyyzs.net小编了解，短枪测序法适合于微生物基因组的测序，因为原核生物的基因组比较简单，重复序列较少。在一九九五年，科学家完成了第一个细菌全基因组序列的测定------流感嗜血杆菌haemophilus influenzae。一些重要的病原微生物的基因组已经被测定，如炭疽菌、大肠杆菌和一些工业细菌，有些菌株因为其重要性而不断的被不同的机构进行测序。中国对这一方面也是相当重视，对钩端螺旋体、表皮葡萄球菌、腾冲热泉菌、野油菜黄单胞菌等细菌的基因组展开了测序。这些细菌的基因组为我们提供了良好的材料和数据，让我们能够进行基因组序列比较，用来找出最小基因组和必需基因。

    必需基因在基因组中的序列应该是相当保守的，同时非必须基因不会再所有的基因组中都会出现。对流感嗜血杆菌和生殖支原体的基因组序列的比对发现，有二百五十六个基因为两者所共有的保守序列，应该wie必需基因。对二十一个细菌、古细菌和真核生物基因组的比较分析，发现有一百五十个基因能够维持基本的转录、翻译和复制等的实施。这个最小化的细菌，其中间代谢为糖酵解，膜运输体为最原始的，并且没有细胞壁。

    随后，有研究发现，所有生物共有的蛋白质仅为六十个，那么生物共同的祖先有可能仅有五百到六百个基因。自由生活型的细菌同胞内共生细菌基因组序列比较，发现二百零六个编码蛋白的基因属于必需基因核心群。