在医改政策刚刚开始时各地基层医疗机构就开始响应并践行基本药物制度，各种基本药物目录之外的药物都被禁止在医疗机构之中使用，而使用的基本药物也全部实行零差价销售。根据各地实际情况基本药物范围也不尽相同，但基本药物之外的药物均被视为违规药物，凡是经营这类药物的医疗机构均被当做违规行为处理，这种制度在解决医疗机构长久以来的以药养医体制的同时也给各基层医疗机构带来了各种新问题。

    首先就是基本药物的使用使部分常用药物被排除在医疗机构的药物之外，这对于部分地区的药物使用产生了不利的影响，有些廉价且有效地药物因为不在基本药物之中结果被禁止使用。而可用药物的减少只是新问题之一，据相关调查数据显示现在因为基层医改使患者对基层医疗机构持怀疑态度，这造成的后果就是县级及其以上医院经常呈现人满为患的现象，这就主要是因为基层地区的患者大量向城市医疗机构流动所造成的。

    而基本药物制度实行后以药养医体制下获得利益的医务人员现在也缺乏足够的从业积极性，这也是造成农村基层地区患者进城看病的原因之一。基层地区的医疗环境不仅仅是药物减少的问题，医务人员的水平和积极性下降也降低了基层医疗环境的质量。而在政策方面基层医疗机构也多把检查和健康教育放在首位，真正的治病诊治反而被过度忽视。基层医疗体系不断减少的患者和缺乏盈利资金的支持都是造成基层医疗机构发展难的原因，在先进的形势下基层医疗体系只有转变现有的发展模式才能继续向前健康发展。