8月28日晚间，南京医药发布了2012年半年报，半年报显示，公司至今仍没有实现扭亏为盈，今年上半年的净利润为-5091.67万元，而上年同期的净利润为193.72万元。

    值得关注的是，南京医药与业绩形成鲜明对比的是公司上半年的财务费用，仅仅半年的财务费用就已经高达1.34亿元，同比去年同期增长了48.46%；而南京医药也坦承称其资本结构不合理，短贷长投的问题较为突出。公司表示，公司亏损的主要原因是，公司的主营业务毛利无法消化公司的各项费用开支，导致上半年的营业利润亏损了1886.83万元，此外，纳入到合并报表的子公司经营情况不一样，部分盈利的子公司必须要缴纳企业所得税，从而使上半年公司的所得税总额就高达2945.57万元。南京医药还表示，个别的子公司还出现看超额亏损的现象，从稳健地角度出发，总公司要执行谨慎性会计政策，同时承担起其他少数股东的亏损。截至到目前为止，南京医药的资产负债率高达87.08%，远远高于同行业，公司称，出现此现象主要是因为其内源性资金严重不足，没能充分发挥出资本市场的融资作用，短贷长投问题突出，资本结构不合理。对于上半年财务费用高达1.34亿元的问题，南京医药也表示称，主要是由于公司在上半年扩大对外融资规模，同时银行的借款利率、票据贴现利率较去年同期也有了明显的提高，导致本期财务费用较去年同期增加。