在深入推进医药卫生体制改革的过程中，各地通过财政投入机制的完善，医疗服务价格的调整，发挥医疗保险补偿和控费作用，药品流通体制的改革等举措，对县级公立医院综合改革积极的推进，让以药补医逐步取消，建立多渠道补偿机制。

    为了确保医疗机构合理收入的不降低，各地的政府投入政策不断落实和完善。山西按取消多少、补偿多少的原则，在试点县级医院取消药品加成之后，通过增加政府投入来补偿。安徽要求政府增加的投入占收入减少补偿的25%。河南规定由财政予以补偿试点医院药品零差率销售减少的合理收入的20%，省直管试点县按省财政和县财政6∶4的比例承担。在重庆，医保和财政各承担补偿资金的50%。陕西对试点县实行全额预算管理，县级医院职工由政府负担70%基本工资。青海试点医院的经费缺口， 50%的补助由省财政一次性给予，由试点市财政足额拨付另50%，从2013年起纳入市级财政预算的统筹安排。

    在试点县级医院取消药品加成的同时，各地不断完善药品的采购政策，促进基本药物优先合理使用。在重庆，所有试点医院所有药品含中药饮片全部实行零差率销售，且基本药物配备率高于国家基本药物目录种类的80%，基本药物使用总费用比例高于药品总费用的35%。浙江规定二级以上医疗机构对基层医疗卫生机构基本药物中标产品要优先采购，同一通用名下年度采购金额需大于30%。