益生菌制剂的作用机制在于补充肠道生理菌或通过改变肠道的酸碱度来促进有益的酸性菌生长，从而纠正菌群失调。

临床上主要用于长时间腹泻的患者，有助于缩短抗菌药物的疗程。

益生菌制剂的可靠性好，但是免疫功能缺陷及短肠综合征的患者要慎重应用。活菌制剂要注意不能与抗菌药物同时服用。死菌制剂包括乳酸菌素或乳杆菌可以抑制致死菌生长，可以促进有益的酸性菌的生长。