益生菌是有活性的是能调节肠道菌群的微生物，而益生元仅仅只是一种膳食补充剂。 益生菌是直接改善肠道菌群；益生元却不能被人体消化吸收利用，它只能通过刺激益生菌增殖，间接作用于肠道，维护肠道健康。 但因为不能被人体消化吸收，有的时候会引起消化不良、胀气等症状，不能随意、大量服用，避免肠道功能失衡。

       总体来说，消化不良的人群，可以优先选择益生菌；胃酸分泌过多的人群，可以优先选择益生元。