2009年4月10日，国务院在北京京西宾馆召开新一轮深化医疗体制改革会议，其中国家基本药物制度的建立被排在医改五项重点改革的第二位。根据医改规划方案，2009年公布的《国家基本药物目录》（2009版），包括化学药、中成药共307个药品品种，自2009年9月21日起施行。

   但是，由于医院改革滞后，医改文件规定，允许各地在国家目录品种外，适量增补所需品种以满足实际用药需求。自此，增补目录品种开始彻底释放。2010年，各基药增补地区纷纷公布，山东基药增补206种，包括193个品种和13个阵剂；广东基药增补260种、陕西基药增补191种，而北京和上海基药则分别增补212种和381种，最终目录品种都将近600个上下。仅以上海为例，在381个基药增补品种中，化学药基药增补236种，中药基药增补145种，而在236种化学药中，辉瑞、百时美施贵宝、诺华、赛诺菲等20多家外资企业，以及其在国内的合资公司均有产品中标，外资企业与合资企业的药品占增补化学药目录的27%左右。而各地适量补充用药需求的动机不纯，过分的注重利益，而忽略了对于重大疾病和多发病治疗药物明显欠缺，诸如妇科和儿科方面的用药就明显不足，这些都需求将基本药物扩大。所以为配合公立医院改革，以前只适应基层需要的基本药物目录将进行再次修订，预计在今年，大病救治保障政策会逐步出台，艾滋病机会感染、耐药肺结核病等重大疾病保障也将在全国推开，血友病、肺癌等12个疾病被纳入农村居民重大疾病保障试点范围。