目前，取消药品加成、药品零差率销售在激烈讨论，其中，最关键的是零差率后，医院收入减少的部分补偿机制的建设问题。

    南京某大型医院院长表示，大医院药品收入目前大概占医院整体收入的比例在40%左右，在实行了零差率后，医院的总收入将会减少6%左右，一般医院的毛利率总体水平保持在40%～45%，毛利部分是医院能够进行自主分配的部分，而减少了6%的收入，就意味着医院毛利率会直接下降6%，将会对医院的日常运行产生较大影响。

    在国内，医药分开试点最受关注的是深圳，全市取消药品加成零差率销售，采取分级提高门诊和住院诊查费的价格标准，在原来基础上平均每门诊人次和每住院床日诊查费分别提高了14元和37元，同时进行门诊控费。

    北京通过设立医事服务费和医保兜底来进行补偿。医事服务费分4档从42～100元，其中60%的收入用于增加医务人员的收入。以急诊门诊人次为基础进行测算，2010年为1.46亿，2011年是1.6亿次，总的药品费用大概为300亿，即加成部分在45亿到50亿元之间。若在北京这一补偿方式全面铺开，以静态匡算，北京市医保需多支出13亿元左右。增加的医保13亿元加上医事服务的收费，能基本上达到平衡。

    根据各方调研及北京、深圳的试点数据显示，虽然医生和医药公司的利益链条仍存在，没有完全杜绝大处方等现象，但总体看，各方效果是良好的。