在医院的药房制度越来越不适合药品流通市场发展的情形之下零售药店开始作为药房的补充性选择出现于药品流通体系之中，起初只是将药房的一般药物开放给零售药店经营，而时至今日除了处方药零售药店已经获得了绝大多数的药品经营权。从这里我们看出零售药店行业并不是自发形成并发展的行业，虽然在国际上零售药店是健康存在并良性发展的但是在我国因为行业情况特殊零售药店实质上并没有获得完全的市场自主权。

    而消费者在选择药品购买时其实更多是倾向于医院的药房，因为依照目前我国患者的自我药疗常识很少有人能自主性的决定购买什么药物，有时候即便是普通的感冒也非要去医院咨询专家然后由专家开出药方，这样药店是很难获得完整的市场的，这也可以理解为什么我国的药店都将最为廉价的普通药物放在经营的首位，因为患者对这些药物熟悉，而那些高端药物只能被那些长久需要药物治疗的患者消费。

    除此之外药店还有一个问题则是规模化的困扰，起初药店都是建立在社区附近以充分发挥自己便民的特性，这是单体药店发展的雏形，而后来随着医药市场的进一步放开药店规模越来越大同行的兼并或者是自身的壮大使得连锁药店开始逐渐发展壮大，但是其发展之路并不像连锁超市那般顺利，首先其在地方开新店会受到医院和单体药店的双重竞争，其次因为医保资格的原因一旦失去就很难在一个区域内立足，可以说药店能否在一个地方长久生存关键就要看地区行业环境以及政策环境，真正依靠药店自身实力的地方并不是很多。不过随着医药分开以及多元化运营模式的逐渐推行药店的利润增长点也越来越多，相信这也可以增强药店在市场中的主动能力。