零售药店行业在给药品流通行业带来活跃性的同时也产生了一些潜在的负面影响，比如药品质量的控制。因为我国初期的药品经营完全依靠医院来负责，而医院又是我国医药领域监管最为严格的地方，其公立化特点注定药品可以有着一个良好的质量保障环境。事实证明医院的确保障了药品的质量但是却使药品价格形势失控，也正是为了缓解这一问题使药品价格回归正常因此监管部门开放了零售药店行业。零售药店因其市场化特性可以很好的利用竞争来保证药品价格的理性，平价一向都是各个药店主打的招牌，但是随之而来的就是其质量的难以保证。我们知道一般政策性越强质量也就越有保证而市场性越强价格则越合理，这其实就是医院与药店之间的博弈。

    而从长远来看医院回归公益化是必然的道路，既是如此那药品就更会完全放手，但是市场化非常明显的药店其首要任务是营利而不是服务，这与非营利的医院是有着显著的差别的，也就是说药店在经营时药品价格的降低有利于扩大营业额但是药品质量并不能直接给药店带来利益，毕竟价格和质量对于消费者的影响来说价格会更明显一些，这充分的表明了药店会在价格上下更多的工夫比如各种促销方案就是医院做不来的，然而顺带的其对于药品的质量则会惯性的减少重视。

    这些问题其实早已被相关监管部门意识到并着力整治改革，其中出手最重的莫过于新版药店经营管理规范的出台，执业药师的制度的强制确立是为了提升药店的整体服务水平同时这一职位也能有效确保药品的质量。而药店整体经营环境标准的提升则是为了提高药店行业准入门槛从而保证药品的质量安全，这样药品才能在药店经营中做到质量和价格的合理均衡。