我国的医疗保险机制建立从现在看来就是一个奇迹，相比西方发达国家我们只是用了几年的时间就建立了覆盖全部民众的全民医保体系，用最少的时间和最低的成本就做好了如此重要的事情。只是在欣喜于成就的时候我们也不能忽视了过于快速背后所衍生出的问题，当初考虑到现实国情为了加快进展步伐采取的是分离式的建设模式，不同社会层次的人群建立不同的医保体制，这样就可以减轻其中的建设压力，由此我们就形成了城镇居民医保与新农合医保共存的局面，其与之前存在的职工医疗保险共同构成了我国基础医保体系，这样的分离建设固然节省了时间但是其中的弊端却日益突出。

如果按照固定的社会结构来分析的话这样的分离式医保体系没有什么问题，但是鉴于目前我国的区域经济水平差异极大流动人口自然也就成为常态，这样大量的农村人口流动到城镇就会造成两大医保体系执行上遇到困难，农村人口参加的是新农合但是在工作地同样也缴纳了城镇医保费用，只是一旦遇到疾病报销情况就会被城镇医保所拒绝，难道还能让其回参保地就诊报销吗，这显然是不太合理的。而且从未来的方向来看城乡结合是大势所趋，大量的农村人口城镇化是必然的趋势潮流，这就注定了新农合和城镇医保分离执行是难以长久维系的。

因此很久之前就有人建议将两大医保体系相互合并建立统一的城乡医保体系，不过这其中的阻碍可能是医保基金的缴付水平以及区域经济差异，在经济水平没有上去的时候统一的难度还是很大的，但是又不能完全的等到经济水平上去，毕竟完全同等的城乡经济水平是不太可能出现的，这一改革也就需要更多地智慧和毅力。