我国生物医药产业，一直以来便存在创新能力不足、研发资源分散、产业结构失衡的三大困境。

   据有关数据统计，我国医药市场正以年均17.5%的速度快速增长，可是行业的整体竞争能力不足，研发投入仅仅只占销售收入的2%，而国外的投入水平基本在15%左右；同时，我国企业研发资金投入主要依赖于企业自身，政府支持、相关金融投资滞后。另外，我国仿制药比例一直居高不下，大多数药企都拥挤在价值链最下游的生产销售环节，奇缺上游的试验能力和基础研究。这一系列的情况，致使我国生物医药产业的创新能力不足。

   从资源利用方面来讲，由于大专院校、科研院所隶属于不同的部门，他们作为最重要的医药研发群体，往往会忽视研究成果与市场之间的转化。另外，制药企业、行政管理部门、研发单位及医疗机构，由于其内部体制的原因，科研院所、企业和医疗机构三者之间存在着巨大的信息障碍，研发与需求脱节，难以产生整体效应。

   从产业结构方面来看，我国丰厚的药品利润都由中间药商和终端医疗机构获得了，并没有流入到其源头的研发生产企业，所以相当一部分制药企业资金短缺、利润微薄，因为缺钱而导致设备落后、人才匮乏。

   国家针对以上三大困境，正在大力推进从上游技术到产业化、市场推广等产业链各个环节协调互动，运用现代技术手段整合资源与先进的管理思想，建立符合技术创新特点及产业发展规律的生物医药产业体系。