友谊医院的医药分开试点虽然目前进展很顺利，不过其还有三大深层难题待解决。

   第一，关于医护人员分配机制的问题。过去医生靠多开药便可以很轻松的拿到很多灰色收入，医事服务费制度实行后，医生的服务质量、工作量都必将提高，如果其收入不增反降的话，这一改革就很难得到医护人员的支持，也就很难取得成功。医护人员都高度关注医院最终会如何分配收取的医事服务费，医生个人从中拿多大比例，友谊医院职工代表也曾在在医院的医药分开试点工作动员大会上向领导提出，尽快理顺医疗服务价格，使医护人员的劳动价值得到真正体现。

   第二，关于财政补偿合理力度的问题。友谊医院的医药分开试点才刚开始，还不能判断该院的门诊量会发生怎么样的变化，收取的医事服务费是否可以平衡药价降低15%及取消门诊诊疗费、挂号费所带来的损失。当然，政府给予适度财政补偿是必然的，但如果友谊医院收入和门诊量都大降，政府必将给予大量的财政补偿，这样一来改革是很难向其他医院推广的。

   第三，关于医疗服务价格改革的问题。原先政府给予医院15%的药品加成政策，根源在于医院长期存在政策性亏损，医疗服务价格没有理顺，以药养医、医药不分也是不得已而为之。若政府对医疗服务价格不进行改革，医院很难真正做到自收自支，最终还是要靠财政养。