医药分开的另一个环节是医院药房管理社会化的探索。就目前的情况看，深圳市已明确，今后要逐步打破医院药房垄断的现象，上海在激烈讨论中已有多家医院边行边试，同样在南京、北京、四川等省市有试点在开展。随着医药分开医院门诊药房社会化的趋势步子正在迈开。

    在医院药房剥离后，药师事务管理成了一个备受关注的问题。当前的医药分开，尤其是药房社会化，对临床药师和其他药师的安置问题需要重视，尤其是三级大医院优质药师的管理问题，这包括药师行政事业职务归属的转变和薪酬绩效的考核以及药学临床教学和科研等方面的开展。

    在用药领域，门诊看病后患者到社会药房处方购药过程中发生的意外，以及自购药在药房中使用发生的不良反应，这一系列问题责任承担需要进行进一步明确。就学术角度，看病和用药是不可分离，也只有在药品使用的过程中药师才能体现价值，目前，国内大医院的药师基本都是需要非常专业的培训，且经过很长时间的实践才胜任。在医药分开的过程中，若削弱药师的地位或待遇，会给医院用药管理带来很多问题。

    据悉，目前上海医药和上海仁济医院南院的药品供应链服务内容中，就包含了上海医药参与仁济医院总院的药师培训，服务医院，这对新筹建医院将是很好的尝试。也有学者认为，在医药分开后，药师应继续留在医院的住院药房，发挥临床药学的作用。但在目前的大医院的改革中，上述问题更好的解决案例则尚未有。