中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，我国甲流疫苗的生产企业存在的四大风险分别是指鸡胚等原材料供应的风险、生产过程中的质量控制风险（如不良反应病例的增多）、疫苗产量与国家需求的匹配风险（疫苗生产出来只能国家收储）以及疫苗生产企业的财务风险。

郭凡礼指出，除了上述的甲流疫苗生产企业的四大风险，我国甲流疫苗生产企业还存在着品种方面的困惑，我国有11家流感疫苗生产企业，得到药监局批文的有8家，但是它们大多只有一条生产线，这样就面临一个选择问题，究竟是生产流感疫苗还是甲流疫苗？

郭凡礼同时指出，另一方面，甲流疫苗的价格问题也有隐忧，由于我国的甲流疫苗是国家收储，所以甲流疫苗并不能上市销售，而甲流疫苗的价格到现在仍未透明，对比香港政府最近采购的79元/剂的甲流疫苗，我国甲流疫苗的价格在25元/剂的水平左右，相对利润微薄。

中投顾问发布的《2009-2012年中国疫苗市场投资分析及前景预测报告》指出，从以上几个方面的问题来看，我国疫苗的生产企业并非高枕无忧，不过从我国甲流疫情的高峰还没真正到来的情况来看，短期内我国甲流疫苗的生产企业还是有比较利好的发展业绩。