中投顾问医药行业研究员郭凡礼指出，《意见》中指出按照“医药分开”的要求，我国要改革医疗机构的补偿机制，并逐步取消医疗机构销售药品加成，在公立医院要实行“零差率”销售，而对于因为“零差率”销售而减少的医院收入，公立医院可以通过增设“药事服务费”的措施来进行补偿。

郭凡礼指出，对于整个新医改而言，公立医院改革可以说是其中最复杂的部分，一方面，“以药养医”的体制形成已久，并不是一个政策就可以废除，另一方面，公立医院的改革牵涉到太多部门的利益，如果说此次《意见》中“降低药费”的政策能贯彻到位，但是增设“药事服务费”岂不是和“降低药费”相互抵消。

郭凡礼同时指出，另一方面，“药事服务费”并没有一个很具体的概念，医院方面为了弥补放弃“以药养医”失去的损失，很有可能会借助收取“药事服务费”收取更多的费用，而且《意见》中“其它体现医务人员技术劳动价值的医疗服务价格”也叫“药事服务费”，由于技术价值很难用具体化，那么“药事服务费”也很难收取的合情合理。

中投顾问发布的《2009-2012年中国医药行业投资分析及前景预测报告》指出，《改革药品和医疗服务价格形成机制的意见》虽然在大的方向上道路正确，然而真正实施起来并不容易，特别是对于增设“药事服务费”，如果处理不当那么很可能成为公立医院改革的一大败笔。